Nasib Krakatau utara sendiri telah menjadi subjek dari beberapa pertikaian di kalangan ahli geologi. Ia pada mulanya dicadangkan bahawa pulau itu telah ditiup oleh daya letusan. Walau bagaimanapun, sebahagian besar bahan yang didepositkan oleh gunung berapi itu adalah makematik yang asal dan kaldera yang dibentuk oleh letusan itu tidak banyak dipenuhi dengan deposit dari letusan tahun 1883. Ini menandakan bahawa pulau itu berkurangan ke dalam ruang magma kosong pada akhir jujukan letusan, dan bukannya telah musnah semasa letusan.

Hipotesis yang diwujudkan - berdasarkan penemuan penyiasat kontemporari - mengandaikan bahawa sebahagian pulau itu reda sebelum letupan pertama pada pagi 27 Ogos. Ini memaksa lumpur gunung berapi di bawah paras laut menyebabkan:

• banjir besar yang mencipta beberapa letupan freatik (interaksi air bawah tanah dan magma).
• air laut untuk menyejukkan magma yang cukup untuk merosakkan dan menghasilkan kesan "periuk tekanan" yang hanya dilepaskan apabila tekanan letupan tercapai.

Walau bagaimanapun, terdapat bukti geologi yang tidak menyokong andaian bahawa hanya penenggelaman sebelum letupan adalah punca. Sebagai contoh, deposit pumis dan ignimbrit bukan sejenis konsisten dengan interaksi magma-air laut. Penemuan ini telah membawa kepada hipotesis lain:

• kemerosotan tanah di dalam air atau sebahagian besar penenggelaman tiba-tiba mendedahkan bilik magma yang sangat bertekanan, membuka laluan untuk air laut untuk memasuki ruang magma dan menetapkan pentas untuk interaksi magma-air laut.
• letupan akhir mungkin disebabkan oleh pencampuran magma yang disebabkan oleh penyerapan secara tiba-tiba magma basal panas ke dalam magma yang lebih sejuk dan lebih ringan di dalam ruang di bawah gunung berapi. Ini akan menyebabkan kenaikan tekanan yang cepat dan tidak mampan, yang membawa kepada letupan bencana. Bukti teori ini ialah wujudnya pumis yang terdiri daripada bahan cahaya dan gelap, material gelap menjadi asal yang lebih panas. Walau bagaimanapun, bahan tersebut dilaporkan kurang daripada lima peratus daripada kandungan krim ignigbrit Krakatoa dan beberapa penyiasat telah menolak ini sebagai punca utama letupan 27 Ogos.

Model berangka untuk letupan hidrovolkanik Krakatoa dan tsunami yang dihasilkan diterangkan oleh (Mader & Gittings, 2006).[6] Dinding air yang tinggi dibentuk yang pada mulanya lebih tinggi daripada 100 meter didorong oleh air, basalt dan udara yang terkejut.